（一）监管流程不畅，贸易便利化效应不明显。跨境电商的相关部门在通关、报检、结汇和退税等方面出台了很多创新政策，但是各部门政策之间没有很好地衔接，缺少统一的协调，急需全面理顺并构建一套符合跨境电商业务的监管流程。
（二）经营层次不高，整合带动效应还未充分发挥。当前跨境电商的主力主要由淘宝商家转型而来，由于目前经营主体层次不高，加上整个供应链服务能力较弱，优质的商品还不多，跨境电商对外贸发展模式与产业集群的整合带动效应还未充分发挥出来。
（三）配套支撑不足，产业生态尚未成型。一是基础设施短缺，如保税公共仓和海外智能公共仓短缺。二是软件配套设施如金融配套、知识产权保护、海外品牌培育和售后服务等问题困扰跨境电商发展。三是跨境电商服务企业专业化水平不高。
（四）物流制约明显，发展空间受限。目前跨境商品,通过大宗货物运输方式运到海外仓的约50亿元，占18%；通过国际快递、小包等行邮方式派送的近220亿元，占82%。采用国际行邮方式，成本高体验差且无法解决售后问题，形不成“大进大出”的贸易格局。 （三）配套支撑不足，产业生态尚未成型。一是基础设施短缺，如保税公共仓和海外智能公共仓短缺。二是软件配套设施如金融配套、知识产权保护、海外品牌培育和售后服务等问题困扰跨境电商发展。三是跨境电商服务企业专业化水平不高
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